ریشه ها
ریشه های گیاه بنسای شده، در عین استحکام، سلامت و گستردگی، باید ظاهری کهن به درخت ببخشند. درروشهای متقارن، نامتقارن و اریب، ریشه ها در تمام جهات گسترده شده اند. اما در روشهای بادزده، صخره،رویشی و …. ریشه ها غالباً در جهت خلاف انحنای تنه گسترده شده اند. تا بدین ترتیب به گیاه ظاهری متقارن ببخشند. تعدادی ازریشه ها روی خاک قرار داده میشوند تا قدمت درخت را از نظر ظاهری افزایش دهند و تصور فرسایش خاک را در سالهای گذشته در ذهن القا کنند. برای تحقق این مهم، در زمان انتقال گیاه به گلدان بزرگتر، تعدادی از ریشه ها را روی خاک قرار می دهند و روی آنها را با خزه اسفاگنوم و مقدار کمی خاک می پوشانند.
در طی آبیاری های مکرر، این پوشش نازک، از بین میرود و پوست ریشه در معرض نور خورشید، سخت میشود و بدین ترتیب هدف ما در القای تصور کهن بودن گیاه تحقق می آید.برای تشکیل ریشه های جدید در جهت مناسب، می توان ریشه را تا لایه کامبیوم خراش داد و روی آن را با خاک و خزه پوشاند. بعد از چند هفته، در محل زخم ریشه های جدیدی ایجاد میشود.
برگ ها
در یک بن سای خوب برگ ها سبز ، متراکم و کوچک است . گیاهانی که برگهای بزرگ دارند یا تعداد برگ آنها کم است ،برای بن سای مناسب نیستند . گیاهانی که برگ های کمی دارند ،درختی خزان کرده را تداعی می کنند . برگ های بزرگ نیز نسبت به اندازه کلی درخت بن سای شده، نامتناسب به نظر می رسند، برای آن که اندازه برگها کوچک شود ، از روش بیبرگی یا هرس برگ استفاده می کنند. این روش در کاهش اندازه برگ موثر است ولی در تغییر اندازه گلها و میوه ها زیاد مورد توجه نیست.
تنه
گرچه همه قسمت های گیاه بن سای شده مهم است ، اما تنه گیاه اولین قسمتی است که توجه ناظر را به خود جلب میکند .تنه بن سای باید پوستی ضخیم ، یک پارچه و تودرتو داشته باشد . تنه باید به گونه ای باشد که هرچه به راس نزدیک میشود ضخامت آن کمتر شود . روی یک تنه خوب نباید آثار زخم ناشی از سیم پیچی دیده شود.